โรงเรียนวัดดอนทราย (สุวรรณรัฐราษฎร์อุปถัมภ์) ได้จัดรูปแบบและโครงสร้างการบริหารงานออกเป็น 5 กลุ่มงาน คือกลุ่มงานบริหารวิชาการ กลุ่มงานบริหารงบประมาณ กลุ่มงานบริหารงานบุคคล กลุ่มงานบริหารทั่วไป และกลุ่มงานด้านเทคโนโลยีสารสนเทศ โดยมีผู้รับผิดชอบแต่ละกลุ่มงานดังนี้
